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Dicom Resample and Save as nii

"""
convert dcm 2 nii
1. read dicom series
2. clarify and sort series
3. skip scout series
4. convert series to 3d
5. resample and save as nii## usage ##
---------------------------------
-- parent(root)|-- Folder1(subdir)|    ||    -- DICOMS/  -- 4d-dicom file-- Folder2|-- DICOMS
---------------------------------
input: root
output: subdir, include several nii files determined by seriesdependencies:
python 3.9.2 (used for log)
SimpleITK
numpylogging:
support output to console and file"""import SimpleITK as sitk
import numpy as np
import logging
from pathlib import Pathdef set_logger(mylogger, file):mylogger.setLevel(logging.DEBUG)# create file handler which logs even debug messagesfh = logging.FileHandler(file)fh.setLevel(logging.DEBUG)# create console handler with a higher log levelch = logging.StreamHandler()ch.setLevel(logging.DEBUG)# create formatter and add it to the handlersformatter = logging.Formatter('%(asctime)s [%(name)s] [%(levelname)s] %(message)s')ch.setFormatter(formatter)fh.setFormatter(formatter)# add the handlers to loggermylogger.addHandler(ch)mylogger.addHandler(fh)# resample image using new spacing
def resample_image(itk_image, out_spacing):original_spacing = itk_image.GetSpacing()original_size = itk_image.GetSize()# image size according to new spacingout_size = [int(np.round(original_size[0] * original_spacing[0] / out_spacing[0])),int(np.round(original_size[1] * original_spacing[1] / out_spacing[1])),int(np.round(original_size[2] * original_spacing[2] / out_spacing[2]))]resample = sitk.ResampleImageFilter()resample.SetOutputSpacing(out_spacing)resample.SetSize(out_size)resample.SetOutputDirection(itk_image.GetDirection())resample.SetOutputOrigin(itk_image.GetOrigin())resample.SetTransform(sitk.Transform())resample.SetDefaultPixelValue(itk_image.GetPixelIDValue())resample.SetInterpolator(sitk.sitkBSpline)# print(resample)return resample.Execute(itk_image)# read and save nii file
# def resample_nii(input_path, out_file):
#     original_img = sitk.ReadImage(input_path)
#     resample_nii_image(original_img, out_file)def resample_nii_image(nii_img, out_file):pix_spacing = nii_img.GetSpacing()logger.info('Original image Spacing:')logger.info(pix_spacing)logger.info('Original image Size:')logger.info(nii_img.GetSize())new_pix_spacing = [pix_spacing[0], pix_spacing[0], pix_spacing[0]]resample_img = resample_image(nii_img, new_pix_spacing)logger.info('Resampled image Spacing:')logger.info(resample_img.GetSpacing())logger.info('Resampled image Size:')logger.info(resample_img.GetSize())sitk.WriteImage(resample_img, out_file)def convert_dcm2nii_resample(directory_path):reader = sitk.ImageSeriesReader()reader.MetaDataDictionaryArrayUpdateOn()reader.LoadPrivateTagsOn()series_ids = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(directory_path)arr_index = 0for series_ID in series_ids:arr_index += 1logger.info("series id: " + series_ID)dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(directory_path, series_ID)# if 3 == arr_index:#     dicom_names = dicom_names[1409:2152]# else:#     print("skip series number: ", str(arr_index))#     continuereader.SetFileNames(dicom_names)image3d = reader.Execute()series_number = reader.GetMetaData(0, '0020|0011')# series_description = reader.GetMetaData(0, '0008|103e')# if series_number == '3 ':#     dicom_names = dicom_names[1409:2152]#     reader.SetFileNames(dicom_names)#     image3d = reader.Execute()# else:#     print("skip series number: ", str(series_number))#     continue# determine if it is scout protocolslice_number = 0# slice_keys = reader.GetMetaDataKeys(slice_number)# reader.HasMetaDataKey(slice_number, '0008|0008')# image typeimage_type = reader.GetMetaData(slice_number, '0008|0008')scout_flag = "LOCALIZER"if scout_flag in image_type:logger.info("skip scout")continue# saved pathsave_path = Path(directory_path).parent.as_posix()# save_path = save_path + "//" + str(series_number)+ "_" + str(series_description) + ".nii.gz"save_path = save_path + "//" + str(series_number) + "_" + ".nii.gz"# save_path = re.sub(r"[\n\t\s]*", "", save_path)# save_path1 = save_path.strip()# resampleresample_nii_image(image3d, save_path)logger.info("saved file: ")logger.info(save_path)def get_paths(input_path, out_paths):path = Path(input_path)for subdir in path.iterdir():if subdir.is_dir():get_paths(subdir, out_paths)else:if "nii.gz" in subdir.name:continueelse:out_paths.append(subdir.parent)breakdef main():path = Path(r"C:\Data\mydata\SID221153")logger.info("--------------------task begin-----------------------")input_dir = []get_paths(path, input_dir)logger.info("folder size: " + str(len(input_dir)))logger.info(input_dir)for convert_dir in input_dir:logger.info("---begin dir---")logger.info(convert_dir)convert_dcm2nii_resample(Path(convert_dir).as_posix())logger.info("---finish dir---")logger.info("--------------------task finish-----------------------")logger = logging.getLogger('dcm2nii')
set_logger(logger, "log/convert_test.log")if __name__ == '__main__':main()

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本人从事工控行业多年,有一些资源,目前labview的单子干不过来了,想找几个靠谱的labview工程师跟我合作,想做兼职,接单的labview工程师可以私聊我,另外我有一些项目还需要跟单片机工程师,plc工程师,fpga工程师合作,欢迎大家找我合作!以下是手里比较着急的项目,需要外包 需求1&am…...

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LeetCode每日一题 - 有多少小于当前数字的数字

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用Python爬取彼岸图网图片

用Python爬取彼岸图网图片 *使用了 四个模块 import time import requests from lxml import etree import os 没有的话自行百度安装。 #encoding utf-8 import time import requests from lxml import etree import os# http://www.netbian.com/ 爬虫 if __name__ __mai…...

第k个数(快速选择)

算法思路 快速选择&#xff1a; 1.即任意选一个数&#xff0c;将数组划分为二。 2.最终根据该数所在的位置&#xff0c;即第&#xff1f;大&#xff0c;选择第k大的数字所在区间进行划分。 时间复杂度分析&#xff0c;第一次划分n,下一次划分期望n/2&#xff0c;n/4…累加和小…...

yolov5 detect.py报错

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DEX 争霸战火升级,BabySwap 会否成为下一代黑马?

在 AMM机制大力推动下&#xff0c;DEX的群雄争霸比预想中来得要快且凶猛。伴随着诸如高盛等主流资本逐步认可DeFi 的意义&#xff0c;在真正的去中心化金融爆发的前夜&#xff0c;可以说谁抢占了DEX 红海的先机&#xff0c;谁就赢得了未来。 从早期以太坊的Uniswap和DoDo&…...

flutter 常用的第三方组件

引用文章链接&#xff1a; https://www.jianshu.com/p/a523e5f131b2 1、格式化日期时间组件&#xff1a;https://pub.dev/packages/date_format 2、日期选择组件&#xff1a;https://pub.dev/packages/flutter_cupertino_date_picker 3、轮播图组件&#xff1a;https://pub.…...

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2021-05-30解决centos+宝塔面板,FTP传输421 Too many connections问题错误

解决centos宝塔面板&#xff0c;FTP传输421 Too many connections”问题错误 1、首先连入服务器 在/www/server/pure-ftpd/etc下&#xff0c;找到pure-ftpd.conf 2、vim pure-ftpd.conf 没有vim的&#xff0c;用其他编辑软件也可以 3、找到 #Maximum number of sim clients wit…...

RK3399 DDR频率修改

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javascript正则表达式常用的合集 参考网址 {n}: n 是一个正整数&#xff0c;匹配了前面一个字符刚好出现了 n 次 {n,}: n是一个正整数&#xff0c;匹配前一个字符至少出现了n次 {n,m}: n 和 m 都是整数。匹配前面的字符至少n次&#xff0c;最多m次。如果 n 或者 m 的值是0&…...

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发现一款好用到爆的数据库工具 - DataGrip(就是耗内存)

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Java 类加载器(ClassLoader)的实际使用场景有哪些?

什么是classloader classloader顾名思义&#xff0c;即是类加载。虚拟机把描述类的数据从class字节码文件加载到内存&#xff0c;并对数据进行检验、转换解析和初始化&#xff0c;最终形成可以被虚拟机直接使用的Java类型&#xff0c;这就是虚拟机的类加载机制。了解java的类加…...

Bad owner or permissions on C:\\Users\\USER/.ssh/config on Windows

Bad owner or permissions on C:\Users\USER/.ssh/config 问题描述 由于使用vscode远程连接服务器突然新增了C:\Users\USER/.ssh/config &#xff0c;再powershell/cmd下面使用openssh&#xff08;windows自带&#xff09;连接服务器会出现Bad owner or permissions on C:\\U…...

React方向的前端面试题

1、React的生命周期&#xff1f; React中只有类组件有生命周期可言。 其中包含三个状态&#xff1a; Mounting&#xff1a;此时已经插入了真实的DOM&#xff1b; Updating&#xff1a;正在被重新渲染&#xff1b; Unmounting&#xff1a;已经移出真实的DOM。 生命周期的方…...

理解“same-site“ 和 “same-origin“

Understanding "same-site" and "same-origin" 作者&#xff1a;Eiji Kitamura 译者&#xff1a;weixsun 原文&#xff1a;Understanding "same-site" and "same-origin" "same-site" and "same-origin" are …...

ERC20智能合约安全评估

ERC20智能合约评估 常见漏洞: https://github.com/slowmist/Knowledge-Base/blob/master/solidity-security-comprehensive-list-of-known-attack-vectors-and-common-anti-patterns-chinese.md ERC20标准接口 //代币名字 function name() constant returns (string name) /…...

Chia FullNode RPC 奇亚全节点

获取区块链状态 请求地址&#xff1a; https://localhost:8555/get_blockchain_state 参数&#xff1a; {"":""} 执行&#xff1a; curl --insecure --cert ~/.chia/mainnet/config/ssl/full_node/private_full_node.crt --key ~/.chia/mainnet/config…...

java IO教程《三》

缓冲区流讲解(Buffered) 什么是缓冲区&#xff1f; 缓冲流&#xff0c;也叫高效流&#xff0c;是对4个基本的File流的增强&#xff0c;所以也是4个流&#xff0c;按照数据类型分类&#xff1a; 字节缓冲流&#xff1a;BufferedInputStream&#xff0c;BufferedOutputStream字…...

springcloudAlibaba nacos配置(解决jmenv.tbsite.net错误)

错误信息&#xff1a; Failed to instantiate [com.alibaba.nacos.core.cluster.ServerMemberManager]: Constructor threw exception; nested exception is ErrCode:500, ErrMsg:jmenv.tbsite.net 数据库配置&#xff1a; 数据库配置&#xff1a; ### Count of DB: db.num1 ##…...

AndroidUtilCode 最强大的工具类

一、前言&#xff1a; AndroidUtilCode 是一个强大易用的安卓工具类库&#xff0c;它合理地封装了安卓开发中常用的函数&#xff0c;具有完善的 Demo 和单元测试&#xff0c;利用其封装好的 APIs 可以大大提高开发效率&#xff0c;如今它主要包括两部分模块&#xff0c;其一是…...

VIA标注工具_一款在线的数据标注工具,支持矩形,多边形,关键点

https://www.robots.ox.ac.uk/~vgg/software/via/via_demo.html 界面如下图所示&#xff1a;...

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nav导航布局 <!DOCTYPE html> <html lang"zh_CN"> <head><meta charset"UTF-8"><title>融职教育</title><!-- 移动设备优先--><meta name"viewport" content"widthdevice-width, initial…...

第一章 gitee学习之安装

安装链接链接 gitee下载链接: https://git-scm.com/downloads. 有三种系统可供选择&#xff0c;选择想要的即可&#xff0c;我是windows64位的&#xff1a;下载好了后直接一直下一步安装即可&#xff0c;安装完成后右键菜单如下图&#xff1a; 如上&#xff0c;git安装完毕...

基于域名访问网站1(作业)

搭建一个基于http://www.zuoye.com:22222访问的web网站&#xff0c;网站首页在/www/http/&#xff0c;内容为zuoye 结果 过程&#xff1a; 创建网页的根目录&#xff0c;并编辑网页内容为zuoye 编辑/etc/httpd/conf.d/zuoye.conf 关闭防火墙 关闭selinux 重启httpd 编辑/…...

外连接查询与内连接的不同

外连接的语法如下&#xff1a; SELECT 字段名称 FROM 表名1 LEFT|RIGHT|FULL| [OUTER] JOIN 表名2ON 表名1.字段名1表面2.字段名2 左外连接 左外连接的结果集包含左表的所有记录和右表中满足连接条件的记录&#xff0c;结果集中那些不符合连接条件的来源于右表的列值为null。…...

写给互联网大厂员工的真心话,面试必问

越来越多的人在提“移动端的下半场”、“Android 开发的焦虑”之类的&#xff0c;也有人在喊“技术天天在变&#xff0c;学也学不完”&#xff0c;“昨天 Kotlin 今天 Flutter”。其实我却认为&#xff0c;如果你技术达到了一定程度&#xff0c;你无需太过在意这些。 移动端真…...

企业微信公众平台建设指南

作者&#xff1a;方倍工作室 本文是方倍工作室以企业微信公众平台开发经验为基础&#xff0c;整理出来的探讨企业如何建设微信公众平台的分析文章。未经许可&#xff0c;请勿转载。一、自助问答类对于企业来说&#xff0c;首先可以通过一些自助类的问题设置来引导客户加强对自…...

倪光南:下一次科技革命集中在人工智能等三方面

http://finance.china.com.cn/roll/20190329/4937969.shtml 人民网博鳌3月29日电 “博鳌亚洲论坛2019年年会”于3月26-29日在海南博鳌举行。在主题为“可持续发展&#xff1a;前沿科技对经济社会的影响”的分论坛上&#xff0c;中国工程院院士倪光南表示&#xff0c;下一次的科…...

倪光南华为鸿蒙,院士倪光南谈华为鸿蒙:国产操作系统需要生态支持

鞭牛士 10月20日消息&#xff0c;据21世纪经济报道消息&#xff0c;2019世界互联网大会期间&#xff0c;中国工程院院士倪光南在大会开幕式现场接受采访时表示&#xff0c;中国在互联网科技方面已经做的很好了&#xff0c;与国际水准差不多同步。但是&#xff0c;在应用方面我们…...

倪光南华为鸿蒙,倪光南谈华为鸿蒙:国产鸿蒙操作系统需要生态支持

欧界报道&#xff1a;前段时间华为受到安卓系统的限制&#xff0c;外界都在为华为的未来表示担忧&#xff0c;然而华为的表现却让人大吃一惊&#xff0c;在谷歌对华为手机采取限制时&#xff0c;华为亮出"备胎"鸿蒙系统。鸿蒙系统消息传来后&#xff0c;不少网友那颗…...

倪光南:大数据安全问题重要性远超数据安全

大数据的安全既包括了大数据的处理系统的安全&#xff0c;它所使用的核心技术和基础设施的安全&#xff0c;也包括了大数据本身的安全。 大数据本身的安全属于信息安全的范畴&#xff0c;当然&#xff0c;它也与运营管理有关&#xff0c;因此就涉及到法规、标准、制度、管理等等…...

中国工程院院士倪光南:政府应加大核心技术市场化引导

在今天召开的“2017中国通信行业物联网大会”上&#xff0c;中国工程院院士倪光南再次重申&#xff0c;我国是个网络大国&#xff0c;但不是网络强国&#xff0c;核心技术受制于人是我们最大的隐患&#xff0c;而且不要指望能够买到核心技术。 倪光南说&#xff0c;前段时间“中…...

倪光南院士:网络安全和信息化要同步推进

当前&#xff0c;中国对物联网的热度非常大&#xff0c;甚至已超越了其他国家&#xff0c;这也很正常&#xff0c;因为这是我们的机会。在一些新兴的领域&#xff0c;我们希望从跟跑到并跑&#xff0c;甚至有可能做到领跑。 整体来说&#xff0c;我国的网信技术在世界上居第二水…...

SDS新书的来龙去脉 amp;amp; SDS序言 - 倪光南:众筹出书也是一种创新

【编者按】 SDS新书指的是《软件定义存储&#xff1a;原理、生态与实践》。 先夸一个海口&#xff0c;我相信这本书里面有些篇章&#xff0c;具有较远的技术前瞻性&#xff0c;即使是三、四年过后&#xff0c;仍然有其借鉴或者启发的意义。 2016年7月&#xff0c;华章出版社出版…...

【每日新闻】倪光南:“中国芯”切勿重硬轻软;美国研发出可直接在皮肤上打印的3D打印技术...

点击关注中国软件网最新鲜的企业级干货聚集地趋势洞2018中国软件生态大会长沙站就要与您见面啦&#xff01;趋势洞察倪光南&#xff1a;“中国芯”切勿重硬轻软“缺芯”曾经是中国通信产业普遍面临的难题&#xff0c;PC时代的主导者是英特尔和微软&#xff0c;手机时代的主动者…...

微软将要求供应商提供带薪育儿假;倪光南谈中国软件业机遇,称已出现由中方主导的开源社区...

&#xff08;点击上方蓝字&#xff0c;快速关注我们&#xff09;转自&#xff1a;开源中国、solidot、cnBeta、腾讯科技等0、微软将要求供应商向员工提供带薪育儿假2015 年的时候&#xff0c;微软就宣布过一项福利&#xff0c;旨在推动与其开展业务的合作伙伴&#xff0c;向员工…...

乌镇现场 | 倪光南:人工智能应该更好的为人类的服务

▼ 大型年度AI人物评选——2017中国AI英雄风云榜&#xff0c;评分工作已结束&#xff0c;12月4日乌镇张榜&#xff01; 奖项设置&#xff1a;技术创新人物TOP 10&#xff0c;商业创新人物TOP 10 表彰人物&#xff1a;华人科学家、学者、企业家、创业者 评委阵容&#xff1a;资深…...

ALVA Systems发布AR新品 倪光南院士致辞

7月29日&#xff0c;OVER THE RAINBOW——ALVA Systems 2021新品发布会于北京举办&#xff0c;倪光南院士受邀参会并发表致辞。基于AR技术的远程专家指导平台——ALVA Rainbow全面升级&#xff0c;在专家、媒体及行业合作伙伴的见证下重磅发布。同时&#xff0c;ALVA在发布会现…...

倪光南:网络不安全要挨打 不用县县都建数据中心

倪光南又一次针对信息安全发声。 6月15日&#xff0c;在由中国航天科工集团公司主办的工业互联网高峰论坛上&#xff0c;中国工程院院士倪光南表示&#xff0c;&#xff08;网络&#xff09;安全是硬道理&#xff0c;不安全也要挨打&#xff0c;要把安全发展真正同步推进&#…...

倪光南回应方舟CPU失败论,企业失败不等于技术失败

&#xff08;点击上方公众号&#xff0c;可快速关注&#xff09;转自&#xff1a;新浪科技一生致力于发展国产芯片和软件的中科院院士倪光南 24 日向新浪财经独家回应当年方舟 CPU 失败事件时否认方舟全面溃败&#xff0c;他表示&#xff0c;企业失败不等于技术失败。已经 79 岁…...

中国工程院院士倪光南:大数据产业安全和发展需同步

“在网络信息领域&#xff0c;需要处理好大数据产业安全和发展的关系。安全是发展的前提&#xff0c;发展是安全的保障&#xff0c;安全和发展需要同步推进。”中国工程院院士倪光南22日在重庆市科协年会暨“智汇永川”系列活动发表主旨演讲时如是说。 当下&#xff0c;大数据已…...

倪光南:友友云计算中间件体现后发优势

本文讲的是倪光南&#xff1a;友友云计算中间件体现后发优势&#xff0c;5月22日&#xff0c;由中国电子学会主办的第一届云计算中国论坛上&#xff0c;第一款具有国内自主知识产权的云计算底层平台产品—友友云计算中间件首次发布。 友友系统的CEO姚宏宇说&#xff0c;与一些互…...

倪光南院士:中国为何做不出像样的操作系统

放眼世界&#xff0c;当前哪个行业最垄断?在2016年12月下旬举行的2016中国大数据大会上&#xff0c;中国工程院院士倪光南给出了这个问题的答案&#xff1a;智能终端操作系统。 有人觉得航空飞机的垄断性最强&#xff0c;倪光南不以为然&#xff1a;“航空飞机被波音、空客所垄…...

倪光南——世人笑我太疯癫,我笑他人看不穿

杨元庆、任正非最近成为科技圈的热门&#xff0c;“美帝良心想”的名称早已人尽皆知&#xff0c;我也不想再去赘述。 2006年&#xff0c;联想飞线门事件&#xff0c;全球召回中国除外&#xff0c;联想说中国人应该支持民族企业。 2008年&#xff0c;联想换屏门&#xff0c;Y430…...

400万奖金池,倪光南、邓中翰等顶级学者指导,大手笔芯片比赛邀你参与

允中 发自 凹非寺量子位 编辑 &#xff5c; 公众号 QbitAI芯片领域的重磅大赛来了&#xff01;先看看本次大赛集合的芯片“顶流”们。专家指导委员会名单主任&#xff1a;倪光南中国工程院院士、联想汉字创始人委员&#xff1a;邓中翰中国工程院院士、“中国芯”开创者委员&…...

倪光南院士2006年9月1号在南京软件博览会上的讲话

声明 本文纯属抄袭和记录&#xff0c;未经严格校对。本人赞同倪光南院士的大部分观点。 倪光南其人 倪光南&#xff0c;汉族&#xff0c;1939年生&#xff0c;浙江镇海人&#xff0c;1961年毕业于南京工学院&#xff08;现东南大学&#xff09;后到中科院计算机所工作&#xff…...