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一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法

文章目录

    • 一、什么是参考基因组和基因组注释?
    • 二、参考基因组版本命名
      • 1、常用人参考基因组对应表
      • 2、常用小鼠参考基因组对应表
    • 三、下载
      • 1、NCBI
      • 2、Ensemble
      • 3、GENCODE
      • 4、UCSC
      • 5、iGenomes
    • 四、其他参考基因组信息

一、什么是参考基因组和基因组注释?

先来理一理参考基因组,基因组注释文件间的关系。

自从 1990 启动的家喻户晓的人类基因组计划开始,全世界的科学家竭尽全力破译了第一个完整的人类基因组,从那时开始人类拿到了一本只有 ATCG 四个碱基书写的天书。后续人们逐步完善了基因组序列信息,并写在 Fasta 格式的文本文件“天书”中,这本天书就叫做参考基因组

image.png

但是,直接拿天书来看是一脸懵逼的,于是大家开始利用实验技术手段开始着手解密这本天书,随后大量的基因以及非编码序列被人们详细的标记在参考基因组对应的位置。同时对该位置加入大量的注释细节,最终将这些信息写在 BED,GTF,GFF 格式的基因组注释文件 。所以也可以把基因组注释文件理解为字典,看不懂天书,翻翻字典就懂了。

image.png
随着时间的推移,在更先进技术的加持下,在已经构建好的基因组和注释信息上不断增加,删减,修改,就有了不同的版本。而每一个版本的参考基因组都会对应有一个基因组注释文件(天书和字典一一对应),接下来我们看看参考基因组版本是怎么指定的。

二、参考基因组版本命名

在讲参考基因组之前,需要提到一个组织参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。目前,该机构构建了人,小鼠,大鼠,斑马鱼,鸡的参考基因组。

人基因组官名叫 GRCh38 (Genome Reference Consortium Human Build 38),GRCh38 在UCSC基因组浏览器中还有个小名 hg38,这个小名对于大多数人来说是更亲切熟悉的。GRCh38 在 GenBank 中叫 GCA_000001405.15,在 RefSeq 中叫 GCF_000001405.26,虽然 GRC 组织建议在所有出版物和工具中使用该编号,但事实是前两种 GRCh38 和 hg38 对生信分析更常见。

在不更改染色体坐标的情况下,向参考基因组添加或替换新序列,这种打补丁的方式,会在基因组版本后加 .p (patch)来命名。

这就像在王者荣耀,英雄联盟中,为了维持游戏热度,会大幅修改游戏架构,流程,世界观,图片,叫大版本更新,而定期对某些英雄的面板属性修正,作为补丁。

举个例子,GRCh38 的第九个补丁,正式版本叫做 Genome Reference Consortium Human Build 38 patch release 9,简称 GRCh38.p9。在 GenBank 编号为 GCA_000001405.24,RefSeq 编号为 GCF_000001405.35。在 Ensemble 编号为 GRCh38,NCBI 编号为 GRCh38。

1、常用人参考基因组对应表

发布时间201320092006
GRC 官名GRCh38GRCh37GRCh36
UCSChg38hg19hg18
EnsembleGRCh38GRCh37GRCh36
GENCODE38193c
NCBIGRCh38GRCh37GRCh36
GenBankGCA_000001405
RefSeqGCF_000001405

根据 GRC 官网信息,GRCh39 大版本将会无限停更,他们在考虑用新模型和序列来构建人类的参考基因组,细节不清楚,猜测有可能会有泛基因组内容。

2、常用小鼠参考基因组对应表

发布时间202020112007
GRC 官名GRCm39GRCm38
UCSCm39mm10mm9
EnsembleGRCm39GRCm38
GENCODEM27M25M1
NCBIGRCm39GRCm38NCBIM37

三、下载

1、NCBI

这里提供两种下载方式,一种为网页界面下载,另一种为FTP下载。

可视化下载

  • 进入网址

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/overview/

  • 搜索物种

image.png

  • 下载界面

image.png

FTP下载

随便提一下,Chrome 浏览器在18版本后由于安全原因已经不支持 ftp 协议,改用 https 协议,可以看到链接已经与之前的不同。

这里以下载人的参考基因组 GRCh38 为例:

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/vertebrate_mammalian/Homo_sapiens/reference/GCF_000001405.39_GRCh38.p13

人类基因组注释文件:

GTF 格式:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/vertebrate_mammalian/Homo_sapiens/annotation_releases/109/GCF_000001405.38_GRCh38.p12/GCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.gtf.gz

GFF 格式:

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/vertebrate_mammalian/Homo_sapiens/annotation_releases/109/GCF_000001405.38_GRCh38.p12/GCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.gff.gz

如果以这种方式下载,其实已经可以路径中大概看出相关物种的下载地址,可以自行查询及下载其他物种。

2、Ensemble

可视化下载

  • 网址:http://asia.ensembl.org
  • 点击物种名,进入下载界面

image.png

  • 点击对应名称,下载参考基因组和基因组注释文件

image.png

FTP下载

同样以下载人参考基因组 GRCh38 为例:

http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa.gz

GTF 文件:http://ftp.ensembl.org/pub/current_gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf.gz

GTT 文件:http://ftp.ensembl.org/pub/current_gff3/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.104.gff3.gz

3、GENCODE

如果小伙伴研究的物种只涉及人类和小鼠,极力推荐 GENCOE,这里有着相较其他数据库,最新最全的基因组和其注释信息。

  • 网址:https://www.gencodegenes.org/
  • 点击人类的最新版

image.png

  • 点击下载基因组注释文件

image.png

  • 点击下载参考基因组文件

image.png

4、UCSC

相对其他下载方式,UCSC 本职的工作是做基因组浏览器的,因此也可以从下图看到,在这里可以根据自己定义来下载相对于的基因组区域,比如 prime,exon,gene,transcript等等。

  • 网址:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
  • 下载:设置参数如下,然后点击下载参考基因组及注释文件

image.png

5、iGenomes

iGenomes是常见分析生物的参考序列和注释文件的集合。这些文件已从Ensembl,NCBI或UCSC下载。染色体名称已更改为简单且与下载源一致。每个iGenome都可以作为压缩文件使用,其中包含生物体的单个基因组构建的序列和注释文件。

网址:https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html

image.png

由亚马逊资助的生物信息参考基因组下载站点,有各种参考基因组,注释文件,软件索引等常用文件,并且有着极快的下载速度,但是缺点是只有常用的物种。

**站点:**https://ewels.github.io/AWS-iGenomes/

image.png

四、其他参考基因组信息

SPECIESUCSC VERSIONRELEASE DATERELEASE NAMESTATUS
MAMMALS
Humanhg38Dec. 2013Genome Reference Consortium GRCh38Available
hg19Feb. 2009Genome Reference Consortium GRCh37Available
hg18Mar. 2006NCBI Build 36.1Available
hg17May 2004NCBI Build 35Available
hg16Jul. 2003NCBI Build 34Available
hg15Apr. 2003NCBI Build 33Archived
hg13Nov. 2002NCBI Build 31Archived
hg12Jun. 2002NCBI Build 30Archived
hg11Apr. 2002NCBI Build 29Archived (data only)
hg10Dec. 2001NCBI Build 28Archived (data only)
hg8Aug. 2001UCSC-assembledArchived (data only)
hg7Apr. 2001UCSC-assembledArchived (data only)
hg6Dec. 2000UCSC-assembledArchived (data only)
hg5Oct. 2000UCSC-assembledArchived (data only)
hg4Sep. 2000UCSC-assembledArchived (data only)
hg3Jul. 2000UCSC-assembledArchived (data only)
hg2Jun. 2000UCSC-assembledArchived (data only)
hg1May 2000UCSC-assembledArchived (data only)
AlpacavicPac2Mar. 2013Broad Institute Vicugna_pacos-2.0.1Available
vicPac1Jul. 2008Broad Institute VicPac1.0Available
ArmadillodasNov3Dec. 2011Broad Institute DasNov3Available
BaboonpapAnu4Apr. 2017Human Genome Sequencing CenterAvailable
papAnu2Mar. 2012Baylor College of Medicine Panu_2.0Available
papHam1Nov. 2008Baylor College of Medicine HGSC Pham_1.0Available
BisonbisBis1Oct. 2014Univ. of Maryland Bison_UMD1.0Available
BonobopanPan3May 2020University of WashingtonAvailable
panPan2Dec. 2015Max-Planck Institute for Evolutionary Anthropology panpan1.1Available
panPan1May 2012Max-Planck Institute panpan1Available
Brown kiwiaptMan1Jun. 2015Max-Planck Institute for Evolutionary Anthropology AptMant0Available
BushbabyotoGar3Mar. 2011Broad Institute OtoGar3Available
CatfelCat9Nov. 2017Genome Sequencing Center (GSC) at Washington University (WashU) School of Medicine Felis_catus_9.0Available
felCat8Nov. 2014ICGSC Felis_catus_8.0Available
felCat5Sep. 2011ICGSC Felis_catus-6.2Available
felCat4Dec. 2008NHGRI catChrV17eAvailable
felCat3Mar. 2006Broad Institute Release 3Available
ChimppanTro6Jan. 2018Clint_PTRv2Available
panTro5May 2016CGSC Build 3.0Available
panTro4Feb. 2011CGSC Build 2.1.4Available
panTro3Oct. 2010CGSC Build 2.1.3Available
panTro2Mar. 2006CGSC Build 2.1Available
panTro1Nov. 2003CGSC Build 1.1Available
Chinese hamstercriGri1Jul. 2013Beijing Genomics Institution-Shenzhen C_griseus_v1.0Available
Chinese hamster ovary cell linecriGriChoV2Jun. 2017Eagle Genomics Ltd CHOK1S_HZDv1Available
criGriChoV1Aug. 2011Beijing Genomics Institute CriGri_1.0Available
Chinese pangolinmanPen1Aug. 2014Washington University (WashU) M_pentadactyla-1.1.1Available
CowbosTau9Apr. 2018USDA ARSAvailable
bosTau8Jun. 2014University of Maryland v3.1.1Available
bosTau7Oct. 2011Baylor College of Medicine HGSC Btau_4.6.1Available
bosTau6Nov. 2009University of Maryland v3.1Available
bosTau4Oct. 2007Baylor College of Medicine HGSC Btau_4.0Available
bosTau3Aug. 2006Baylor College of Medicine HGSC Btau_3.1Available
bosTau2Mar. 2005Baylor College of Medicine HGSC Btau_2.0Available
bosTau1Sep. 2004Baylor College of Medicine HGSC Btau_1.0Archived
Crab-eating macaquemacFas5Jun. 2013Washington University Macaca_fascicularis_5.0Available
DogcanFam5May 2019University of MichiganAvailable
canFam4Mar. 2020Uppsala UniversityAvailable
canFam3Sep. 2011Broad Institute v3.1Available
canFam2May 2005Broad Institute v2.0Available
canFam1Jul. 2004Broad Institute v1.0Available
DolphinturTru2Oct. 2011Baylor College of Medicine Ttru_1.4Available
ElephantloxAfr3Jul. 2009Broad Institute LoxAfr3Available
FerretmusFur1Apr. 2011Ferret Genome Sequencing Consortium MusPutFur1.0Available
Garter snakethaSir1Jun. 2015Washington University Thamnophis_sirtalis-6.0Available
GibbonnomLeu3Oct. 2012Gibbon Genome Sequencing Consortium Nleu3.0Available
nomLeu2Jun. 2011Gibbon Genome Sequencing Consortium Nleu1.1Available
nomLeu1Jan. 2010Gibbon Genome Sequencing Consortium Nleu1.0Available
Golden eagleaquChr2Oct. 2014University of Washington aquChr2-1.0.2Available
Golden snub-nosed monkeyrhiRox1Oct. 2014Novogene Rrox_v1Available
GorillagorGor6Aug. 2019University of WashingtonAvailable
gorGor5Mar. 2016University of Washington GSMRT3Available
gorGor4Dec. 2014Wellcome Trust Sanger Institute gorGor4Available
gorGor3May 2011Wellcome Trust Sanger Institute gorGor3.1Available
Green MonkeychlSab2Mar. 2014Vervet Genomics Consortium 1.1Available
Guinea pigcavPor3Feb. 2008Broad Institute cavPor3Available
Hawaiian monk sealneoSch1Jun. 2017Johns Hopkins University ASM220157v1Available
HedgehogeriEur2May 2012Broad Institute EriEur2.0Available
eriEur1Jun. 2006Broad Institute Draft_v1Available
HorseequCab3Jan. 2018University of LouisvilleAvailable
equCab2Sep. 2007Broad Institute EquCab2Available
equCab1Jan. 2007Broad Institute EquCab1Available
Kangaroo ratdipOrd1Jul. 2008Baylor/Broad Institute DipOrd1.0Available
Malayan flying lemurgalVar1Jul. 2014WashU G_variegatus-3.0.2Available
ManateetriMan1Oct. 2011Broad Institute TriManLat1.0Available
MarmosetcalJac4May 2020Washington University Callithrix_jacchus_cj1700_1.1Available
MarmosetcalJac3Mar. 2009WUSTL Callithrix_jacchus-v3.2Available
calJac1Jun. 2007WUSTL Callithrix_jacchus-v2.0.2Available
MegabatpteVam1Jul. 2008Broad Institute Ptevap1.0Available
MicrobatmyoLuc2Jul. 2010Broad Institute MyoLuc2.0Available
Minke whalebalAcu1Oct. 2013KORDI BalAcu1.0Available
Mousemm39Jun. 2020Genome Reference Consortium Mouse Build 39Available
mm10Dec. 2011Genome Reference Consortium GRCm38Available
mm9Jul. 2007NCBI Build 37Available
mm8Feb. 2006NCBI Build 36Available
mm7Aug. 2005NCBI Build 35Available
mm6Mar. 2005NCBI Build 34Archived
mm5May 2004NCBI Build 33Archived
mm4Oct. 2003NCBI Build 32Archived
mm3Feb. 2003NCBI Build 30Archived
mm2Feb. 2002MGSCv3Archived
mm1Nov. 2001MGSCv2Archived (data only)
Mouse lemurmicMur2May 2015Baylor/Broad Institute Mmur_2.0Available
micMur1Jul. 2007Broad Institute MicMur1.0Available
Naked mole-rathetGla2Jan. 2012Broad Institute HetGla_female_1.0Available
hetGla1Jul. 2011Beijing Genomics Institute HetGla_1.0Available
OpossummonDom5Oct. 2006Broad Institute release MonDom5Available
monDom4Jan. 2006Broad Institute release MonDom4Available
monDom1Oct. 2004Broad Institute release MonDom1Available
OrangutanponAbe2Jul. 2007WUSTL Pongo_albelii-2.0.2Available
ponAbe3Jan. 2018Susie_PABv2/ponAbe3Available
PandaailMel1Dec. 2009BGI-Shenzhen AilMel 1.0Available
PigsusScr11Feb. 2017Swine Genome Sequencing Consortium Sscrofa11.1Available
susScr3Aug. 2011Swine Genome Sequencing Consortium Sscrofa10.2Available
susScr2Nov. 2009Swine Genome Sequencing Consortium Sscrofa9.2Available
PikaochPri3May 2012Broad Institute OchPri3.0Available
ochPri2Jul. 2008Broad Institute OchPri2Available
PlatypusornAna2Feb. 2007WUSTL v5.0.1Available
ornAna1Mar. 2007WUSTL v5.0.1Available
Proboscis MonkeynasLar1Nov. 2014Proboscis Monkey Functional Genome Consortium Charlie1.0Available
RabbitoryCun2Apr. 2009Broad Institute release OryCun2Available
Ratrn7Nov. 2020Wellcome Sanger Institute mRatBN7.2Available
rn6Jul. 2014RGSC Rnor_6.0Available
rn5Mar. 2012RGSC Rnor_5.0Available
rn4Nov. 2004Baylor College of Medicine HGSC v3.4Available
rn3Jun. 2003Baylor College of Medicine HGSC v3.1Available
rn2Jan. 2003Baylor College of Medicine HGSC v2.1Archived
rn1Nov. 2002Baylor College of Medicine HGSC v1.0Archived
RhesusrheMac10Feb. 2019The Genome Institute at Washington University School of Medicine Mmul_10Available
rheMac8Nov. 2015Baylor College of Medicine HGSC Mmul_8.0.1Available
rheMac3Oct. 2010Beijing Genomics Institute CR_1.0Available
rheMac2Jan. 2006Baylor College of Medicine HGSC v1.0 Mmul_051212Available
rheMac1Jan. 2005Baylor College of Medicine HGSC Mmul_0.1Archived
Rock hyraxproCap1Jul. 2008Baylor College of Medicine HGSC Procap1.0Available
SheepoviAri4Dec. 2015ISGC Oar_v4.0Available
oviAri3Aug. 2012ISGC Oar_v3.1Available
oviAri1Feb. 2010ISGC Ovis aries 1.0Available
ShrewsorAra2Aug. 2008Broad Institute SorAra2.0Available
sorAra1Jun. 2006Broad Institute SorAra1.0Available
SlothchoHof1Jul. 2008Broad Institute ChoHof1.0Available
SquirrelspeTri2Nov. 2011Broad Institute SpeTri2.0Available
Squirrel monkeysaiBol1Oct. 2011Broad Institute SaiBol1.0Available
TarsiertarSyr2Sep. 2013WashU Tarsius_syrichta-2.0.1Available
tarSyr1Aug. 2008WUSTL/Broad Institute Tarsyr1.0Available
Tasmanian devilsarHar1Feb. 2011Wellcome Trust Sanger Institute Devil_refv7.0Available
TenrecechTel2Nov. 2012Broad Institute EchTel2.0Available
echTel1Jul. 2005Broad Institute echTel1Available
Tree shrewtupBel1Dec. 2006Broad Institute Tupbel1.0Available
WallabymacEug2Sep. 2009Tammar Wallaby Genome Sequencing Consortium Meug_1.1Available
White rhinoceroscerSim1May 2012Broad Institute CerSimSim1.0Available
VERTEBRATES
African clawed frogxenLae2Aug. 2016Int. Xenopus Sequencing ConsortiumAvailable
American alligatorallMis1Aug. 2012Int. Crocodilian Genomes Working Group allMis0.2Available
Atlantic codgadMor1May 2010Genofisk GadMor_May2010Available
BudgerigarmelUnd1Sep. 2011WUSTL v6.3Available
ChickengalGal6Mar. 2018GRCg6 Gallus-gallus-6.0Available
galGal5Dec. 2015ICGC Gallus-gallus-5.0Available
galGal4Nov. 2011ICGC Gallus-gallus-4.0Available
galGal3May 2006WUSTL Gallus-gallus-2.1Available
galGal2Feb. 2004WUSTL Gallus-gallus-1.0Available
CoelacanthlatCha1Aug. 2011Broad Institute LatCha1Available
Elephant sharkcalMil1Dec. 2013IMCB Callorhinchus_milli_6.1.3Available
Fugufr3Oct. 2011JGI v5.0Available
fr2Oct. 2004JGI v4.0Available
fr1Aug. 2002JGI v3.0Available
LampreypetMar3Dec. 2017University of Kentucky Pmar_germline 1.0Available
petMar2Sep. 2010WUGSC 7.0Available
petMar1Mar. 2007WUSTL v3.0Available
LizardanoCar2May 2010Broad Institute AnoCar2Available
anoCar1Feb. 2007Broad Institute AnoCar1Available
MedakaoryLat2Oct. 2005NIG v1.0Available
Medium ground finchgeoFor1Apr. 2012BGI GeoFor_1.0 / NCBI 13302Available
Nile tilapiaoreNil2Jan. 2011Broad Institute Release OreNil1.1Available
Painted turtlechrPic1Dec. 2011IPTGSC Chrysemys_picta_bellii-3.0.1Available
SticklebackgasAcu1Feb. 2006Broad Institute Release 1.0Available
TetraodontetNig2Mar. 2007Genoscope v7Available
tetNig1Feb. 2004Genoscope v7Available
Tibetan frognanPar1Mar. 2015Beijing Genomics Institute BGI_ZX_20015Available
TurkeymelGal5Nov. 2014Turkey Genome Consortium v5.0Available
melGal1Dec. 2009Turkey Genome Consortium v2.01Available
X. tropicalisxenTro9Jul. 2016JGI v.9.1Available
xenTro7Sep. 2012JGI v.7.0Available
xenTro3Nov. 2009JGI v.4.2Available
xenTro2Aug. 2005JGI v.4.1Available
xenTro1Oct. 2004JGI v.3.0Available
Zebra finchtaeGut2Feb. 2013WashU taeGut324Available
taeGut1Jul. 2008WUSTL v3.2.4Available
ZebrafishdanRer11May 2017Genome Reference Consortium GRCz11Available
danRer10Sep. 2014Genome Reference Consortium GRCz10Available
danRer7Jul. 2010Sanger Institute Zv9Available
danRer6Dec. 2008Sanger Institute Zv8Available
danRer5Jul. 2007Sanger Institute Zv7Available
danRer4Mar. 2006Sanger Institute Zv6Available
danRer3May 2005Sanger Institute Zv5Available
danRer2Jun. 2004Sanger Institute Zv4Archived
danRer1Nov. 2003Sanger Institute Zv3Archived
DEUTEROSTOMES
C. intestinalisci3Apr. 2011Kyoto KHAvailable
C. intestinalisci2Mar. 2005JGI v2.0Available
ci1Dec. 2002JGI v1.0Available
LanceletbraFlo1Mar. 2006JGI v1.0Available
S. purpuratusstrPur2Sep. 2006Baylor College of Medicine HGSC v. Spur 2.1Available
strPur1Apr. 2005Baylor College of Medicine HGSC v. Spur_0.5Available
INSECTS
A. melliferaapiMel2Jan. 2005Baylor College of Medicine HGSC v.Amel_2.0Available
apiMel1Jul. 2004Baylor College of Medicine HGSC v.Amel_1.2Available
A. gambiaeanoGam3Oct. 2006International Consortium for the Sequencing of Anopheles Genome AgamP3Available
anoGam1Feb. 2003IAGP v.MOZ2Available
D. ananassaedroAna2Aug. 2005Agencourt Arachne releaseAvailable
droAna1Jul. 2004TIGR Celera releaseAvailable
D. erectadroEre1Aug. 2005Agencourt Arachne releaseAvailable
D. grimshawidroGri1Aug. 2005Agencourt Arachne releaseAvailable
D. melanogasterdm6Aug. 2014BDGP Release 6 + ISO1 MTAvailable
dm3Apr. 2006BDGP Release 5Available
dm2Apr. 2004BDGP Release 4Available
dm1Jan. 2003BDGP Release 3Available
D. mojavensisdroMoj2Aug. 2005Agencourt Arachne releaseAvailable
droMoj1Aug. 2004Agencourt Arachne releaseAvailable
D. persimilisdroPer1Oct. 2005Broad Institute releaseAvailable
D. pseudoobscuradp3Nov. 2004FlyBase Release 1.0Available
dp2Aug. 2003Baylor College of Medicine HGSC Freeze 1Available
D. sechelliadroSec1Oct. 2005Broad Institute Release 1.0Available
D. simulansdroSim1Apr. 2005WUSTL Release 1.0Available
D. virilisdroVir2Aug. 2005Agencourt Arachne releaseAvailable
droVir1Jul. 2004Agencourt Arachne releaseAvailable
D. yakubadroYak2Nov. 2005WUSTL Release 2.0Available
droYak1Apr. 2004WUSTL Release 1.0Available
NEMATODES
C. brennericaePb2Feb. 2008WUSTL 6.0.1Available
caePb1Jan. 2007WUSTL 4.0Available
C. briggsaecb3Jan. 2007WUSTL Cb3Available
cb1Jul. 2002WormBase v. cb25.agp8Available
C. elegansce11Feb. 2013C. elegans Sequencing Consortium WBcel235Available
ce10Oct. 2010WormBase v. WS220Available
ce6May 2008WormBase v. WS190Available
ce4Jan. 2007WormBase v. WS170Available
ce2Mar. 2004WormBase v. WS120Available
ce1May 2003WormBase v. WS100Archived
C. japonicacaeJap1Mar. 2008WUSTL 3.0.2Available
C. remaneicaeRem3May 2007WUSTL 15.0.1Available
caeRem2Mar. 2006WUSTL 1.0Available
P. pacificuspriPac1Feb. 2007WUSTL 5.0Available
OTHER
Sea HareaplCal1Sep. 2008Broad Release Aplcal2.0Available
YeastsacCer3April 2011SGD April 2011 sequenceAvailable
sacCer2June 2008SGD June 2008 sequenceAvailable
sacCer1Oct. 2003SGD 1 Oct 2003 sequenceAvailable
VIRUSES
Ebola ViruseboVir3June 2014Sierra Leone 2014 (G3683/KM034562.1)Available
SARS-CoV-2wuhCor1Jan. 2020SARS-CoV-2 ASM985889v3Available

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc

http://genomeref.blogspot.com/

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SVN常用命令集合_艾孜尔江撰

在平时的工作中我们大多数情况下喜欢使用Tortoise SVN之类的可视化版本控制工具,但笔者发现,命令行的方式进行版本控制在执行速度上将会更快一些。尽管在大多数情况下使用命令行并不是很方便,但只要用户习惯了,就非常顺畅了。针对…...

2021年教你增加拿到BAT等大厂offer几率,值得收藏!

开头 最近发现一些读者,留言提到跳槽面试的事情。当中,有几个编程老兵,说他们从事Android 开发多年,薪资却还在原地打转,跳槽升职不是很顺利,十分困惑。这显然是遇到瓶颈期。 就目前大环境来看&#xff0…...

【leetcode游记】竞赛题 1877

数组中最大数对和的最小值。 这道题,老实说光看懂我就看了很久。论刷题的重要性。 总结为:排序题 题目链接: https://leetcode-cn.com/problems/minimize-maximum-pair-sum-in-array/ 数对和,就是两个数相加。 两个数相加的值要…...

什么样才能叫“技术很牛”?

近日,在某论坛上,有人提出了“一直不懂一个问题,什么叫‘技术很牛’?”的问题。详细提问称“说实话,我从本科到硕士,我觉得计算机的技术很多都是看看就会了,多操练下就熟了。可能有些设计问题需…...

phpShort v3.2 – PHP短网址平台源码

介绍: phpShort是高级的URL缩短器平台,它使您可以轻松地缩短链接,根据受众群体的位置或平台来定位受众,并为缩短的链接提供分析见解。 提起这个源码,本站还是发布了该作者的一些其他源码,比如phpAnalytics…...

金三银四大厂面经总结,java怎么快速创建构造方法

前言 Java作为最全面的语言,国内开发者也是最多的,Java综合起来各方面都不错,在大部分场景下是一种稳健的技术选择。加上近年来安卓的推动,目前也是最流行的一种语言。 现在Java的就业市场看起来还是挺大的,而且工资…...

mysql事务

mysql事务四大特性 1.原子性 理解:事务中的所有操作要么全部一起执行,要么在发生的错误的时候全部不执行,也就是事务回滚了 原理:mysql使用undo log逻辑日志进行回滚,mysql会生成redo log和undo log 文件,u…...

SQLzoo 习题记录03-SELECT from Nobel Tutorial Nobel Quiz

目录 SELECT from Nobel Tutorial Nobel LaureatesWinners from 19501962 LiteratureAlbert EinsteinRecent Peace PrizesLiterature in the 1980sOnly PresidentsJohnChemistry and Physics from different yearsExclude Chemists and MedicsEarly Medicine, Late Literatur…...

JavaScript进阶学习笔记(五)--- 严格模式

一、严格模式 1、严格模式的概念 ​ JavaScript 除了提供正常模式外,还提供了严格模式(strict mode)。ES5 新增的严格模式是采用具有限制性 JavaScript变体的一种方式,即在严格的条件下运行 JS 代码。格模式在 IE10 以上版本的浏…...

Django+MySQL问题 启动server报错

问题: File “D:\Python36\lib\site-packages\django\db\models\query.py”, line 122, in iter for row in compiler.results_iter(): File “D:\Python36\lib\site-packages\django\db\models\sql\compiler.py”, line 828, in results_iter results self.execu…...

Kubernetes入门——Longhorn简介

概述 Longhorn是由Rancher创建的一款云原生的、轻量级、可靠且易用的开源分布式块存储系统。部署到K8s集群上之后,Longhorn会自动将集群中所有节点上可用的本地存储聚集为存储集群,然后利用这些存储管理分布式、带有复制功能的块存储,支持快…...

java初学者应该怎么学?

Java语言每年都在吸引更多同学前来入行,其中不乏存在很多初学者没有任何编程经验的人,那么我们作为初学者应该如何才能学好Java语言呢?小千给你几个建议。 1.切忌眼高手低 小千认为最重要的一点就是千万不要眼高手低,同学们无论是…...

git操作和笔记

使用本地的 git 工具操作 github 1. 网上创建好了有内容的仓库,本地去更新 将远端的仓库克隆到本地使用 git clone 地址 命令 远端地址分为两种 1. http 地址 2. ssh 地址 在克隆好的项目中更新一个 index.html将做好的更新提交到远端 在对应仓库打开 npm执行 git…...

安装好的matlab如何添加额外的工具箱Toolbox

最最简单的办法:就是通过MATLAB自己的附加功能里面去找,然后安装。 可能你会说要正版才可以,我不知道自己是不是正版,反正我是破解的那种,然后在官网下载额外的toolbox其实不需要你是否有正版授权,只要有一…...

一句话解释空洞卷积和反卷积

空洞卷积 通俗理解:在卷积核上增加空白数据,或者说是在卷积的时候固定跳过部分像素点,达到一次卷积看到的范围变大的效果。 作用:在不增加参数的情况下,增大感受野。(效果等同于卷积池化,但是避…...

SpringBoot

1、SpringBoot:Hello,World! SpringBoot简介 1.1、回顾什么是Spring Spring是一个开源框架,2003 年兴起的一个轻量级的Java 开发框架,作者:Rod Johnson 。 Spring是为了解决企业级应用开发的复杂性而创建的&#xf…...

MD5加密工具类

依赖 <dependency><groupId>org.apache.shiro</groupId><artifactId>shiro-core</artifactId><version>1.7.1</version></dependency>md5加密工具类 package com.fsx.shiro.utils;import org.apache.shiro.crypto.hash.Md5H…...

关于函数传参的再理解(含引用)

情景引入—小小日记 6/1的我开开心心的度过儿童节&#xff0c;复习一哈数据结构课上的内容。 but&#xff01;&#xff0c;这红红的一条让我心慌。不可创建变量&#xff01; 下面是当时的源码&#xff08;二叉排序树&#xff09; #include <iostream> using namespace…...

DockerMaven插件

DockerMaven插件 前言 微服务部署我所知的目前有三种方式: &#xff08;1&#xff09;手动部署&#xff1a;首先基于源码打包生成jar包&#xff08;或war包&#xff09;&#xff0c;将jar包&#xff08;或war包&#xff09;上传至虚拟机并拷贝至JDK容器 &#xff08;2&…...

性能工具之Jmeter-Dubbo脚本开发

内容目录&#xff1a; 1、idea 环境项目部署 2、nacos 环境部署 3、dubbo插件部署 4、不带参数请求 5、带参参数请求 Apache Dubbo 是一款高性能、轻量级的开源Java RPC框架&#xff0c;它提供了三大核心能力&#xff1a;面向接口的远程方法调用&#xff0c;智能容错和负载均衡…...

有关斜率的数学题?

转自自家学校的OJ网站 题目描述&#xff1a; Description cdwcgt成为了风纪班的成员&#xff01; 风纪班的主要任务为维持治安、巡逻、注意可疑人物、仲裁吵架、追查违法药品&#xff0c;所涉及范围广大&#xff0c;偶尔会有较危险的工作。 职能与警方有重叠&#xff0c;因此经…...

后端 | SpringBoot整合Dubbo+Nacos2

1.前言 这是一个基于SpringBoot整合Apache DubboNacos的极简教程&#xff0c;笔者使用到的技术及版本如下&#xff1a; SpringBoot 2.4.5 Dubbo 2.7.11 Nacos 2.0.1&#xff08;自行安装&#xff09; Dubbo官网&#xff1a;https://dubbo.apache.org/zh/ Nacos官网&#…...

JavaEE期末考 Struts实例

Struts实例代码Web代码List.jspEdit.jsp配置文件默认包下的struts.xmlWEB-INF下的web.xmlJava代码action包BookAction.javadao包BookDao.javaBookDaoImpl.javadb包DBConnection.javafactory包DAOFactory.javamodel包Book.javaservice包BookService.javap1包和pojo包为空使用的库…...

SpringCloud-07-sleuth+zipkin

Spring Cloud Sleuth是Spring Cloud提供的分布式跟踪解决方案&#xff0c;它借用了Google的Dapper组件的术语&#xff0c;并且兼容Twitter的Zipkin。 Spring Cloud Sleuth官网&#xff1a;https://docs.spring.io/spring-cloud-sleuth/docs/2.2.8.RELEASE/reference/html/#ter…...

鸿蒙系统中StackLayout帧布局

文章目录前言前期准备创建页面StackLayout的使用定义布局定义子组件组件对齐场景展示前言 StackLayout直接在屏幕上开辟出一块空白的区域&#xff0c;添加到这个布局中的视图都是以层叠的方式显示&#xff0c;而它会把这些视图默认放到这块区域的左上角&#xff0c;第一个添加…...

JS的杂记

1.修改元素的内联样式 元素.style.属性名" “; 元素.currentstyle.属性名” "; 修改元素当前的属性值 2.事件的冒泡 取消冒泡 event.cancelbubbletrue; 委派: 把子元素都要发生的事件绑定到祖先元素 3.event.preventdefault(); 取消默认行为 4.setinterval 会返回…...

什么是Promise?

1.Promise&#xff0c;简单说就是一个容器&#xff0c;里面保存着某个未来才会结束的事件&#xff08;通常是一个异步操作&#xff09;的结果。 2.从语法上说&#xff0c;promise 是一个对象&#xff0c;从它可以获取异步操作的的最终状态&#xff08;成功或失败&#xff09;。…...

奔跑吧恐龙-JAVA从入门到精通

(文章目录) 前言 一个简单的小项目&#xff0c;如果有兴趣&#xff0c;可以下载学习一、项目展示图 二、可以学习和巩固的知识点 线程&#xff1a;控制线程来获取刷新面板和获取时间间隔等AWT&#xff1a;进一步理解怎么绘制图片和protected void paintComponent(Graphics g)S…...

真是恍然大悟啊!java从入门到精通pdf百度云

一、前言 最近刚读完一本书&#xff1a;《Netty、Zookeeper、Redis 并发实战》&#xff0c;个人觉得 Netty 部分是写得很不错的&#xff0c;读完之后又对 Netty 进行了一波很好的复习&#xff08;之前用 spring boot netty zookeeper 模仿 dubbo 做 rpc 框架&#xff0c;那时…...

Java从入门到精通入职学习路线

目录 1、JavaSE基础 2、数据库 3、Web前端 4、JavaWeb &#xff08;后端&#xff09; 5、JavaWeb&#xff08;进阶&#xff09; 6、JavaWeb项目实战练习 7、SSM框架 8、互联网分布式&架构师项目 1、JavaSE基础 掌握DOS命令、JDK JRE JVM&#xff0c;Java源文件的组…...

Java从入门到精通(视频教程+源码)

Java介绍 Java是一门面向对象编程语言&#xff0c;不仅吸收了C语言的各种优点&#xff0c;还摒弃了C里难以理解的多继承、指针等概念&#xff0c;因此Java语言具有功能强大和简单易用两个特征。Java语言作为静态面向对象编程语言的代表&#xff0c;极好地实现了面向对象理论&am…...

java从入门到精通 人民邮电_Java从入门到精通【人民邮电出版社】课后习题答案全集...

Java从入门到精通【人民邮电出版社】课后习题答案全集第二章一1.java程序是从main()处开始运行2.在java中多行注释的开始和结束标记分别为/*和*/3.声明一个名称“count”的整形变量的语句为intcount4.java程序中的标识符可由任意顺序的大小写字母、数字、下划线但不能以数字开头…...

好用的读书笔记软件

读书笔记软件-Bullmind 1.支持做各种笔记。该功能是记笔记非常方便&#xff0c;并且有各种优化来记笔记。 2.支持多种快捷键定制&#xff0c;非常方便。包括颜色切换快捷方式。 3.书架支持无限制的细分&#xff0c;方便组织书籍。 4.您可以选择护眼模式。 5.读书笔记软件--Bull…...

Windows里面比较好用的在线读书笔记软件

Windows里面比较好用的在线读书笔记软件 1.支持做各种笔记。该软件的特点是记笔记非常方便&#xff0c;并且记笔记有各种优化。2.支持多种快捷键定制&#xff0c;非常方便。包括颜色切换快捷方式。这是一项独家功能。 3.将来会增加笔记输出的功能。开发人员正在开发中&#xff…...

计算机与信息技术基础读书笔记,信息技术读书笔记

《信息技术读书笔记》由会员分享&#xff0c;可在线阅读&#xff0c;更多相关《信息技术读书笔记(1页珍藏版)》请在人人文库网上搜索。1、信息技术简介读书笔记笔记实验中学 徐秀芳一、信息与信息科学信息是信息科学的基本要素&#xff0c;既是信息科学的出发点&#xff0c;也是…...

如何在手机上做读书笔记?手机做读书笔记的软件

俗话说“读书破万卷&#xff0c;下笔如有神”&#xff0c;但其实有不少网友光读书&#xff0c;却不做读书笔记&#xff0c;这样读书效果是不理想的&#xff0c;一本书读完&#xff0c;能够记住书中十分之一的内容就算是好的了。既然在读书时做笔记是非常有必要的&#xff0c;那…...

Bullmind在线读书笔记软件

Bullmind是一种结构化思维生产力工具 录制注释 思考完成 内容创建 任务管理以结构化方式组织内容构建清晰的思维逻辑 它具有在线读书笔记软件 在线思维导图功能&#xff0c;强调逻辑和层次与传统笔记形式相比。更快速 更全面的 更多立体声 一键生成思维导图 只需单击按钮…...

做读书笔记好用的软件分享

对于读书这件事情相信大家都没有别的意见&#xff0c;无非就是多读书和读好书。那么问题来了&#xff0c;书读完了以后就没有事情了吗&#xff0c;显然不是这样的。 从学生时代开始就被教育“好记性不如烂笔头”&#xff0c;所有从眼睛过去的事情&#xff0c;归根结底还是要落…...

《软件设计与实现》 --- 读书笔记

分析和设计方法 在需求分析中&#xff0c;要搞清楚&#xff1a; 在问题领域中的现实世界里&#xff0c;都有哪些实体&#xff0c;如何抽象出我们真正关心的属性&#xff0c;实体之间的关系是什么&#xff1f;在这个基础上&#xff0c;用户的需求是什么&#xff0c;软件如何解…...

[附源码]Python计算机毕业设计儿童闲置物品交易网站

项目运行 环境配置&#xff1a; Pychram社区版 python3.7.7 Mysql5.7 HBuilderXlist pipNavicat11Djangonodejs。 项目技术&#xff1a; django python Vue 等等组成&#xff0c;B/S模式 pychram管理等等。 环境需要 1.运行环境&#xff1a;最好是python3.7.7&#xff0c;…...

《软件测试的艺术》读书笔记(一)

软件测试心理学 明确软件测试的定义具有重要的心理学影响。软件测试是“为发现错误而执行程序的过程”。明确测试的目的使得设计的测试数据可以更多的发现程序的问题&#xff0c;而不是减少程序的实效。 区分“成功的”和“不成功的”的测试。“成功的”测试的指发现了可修复的…...

软件测试的艺术-读书笔记-0

目前在读《软件测试的艺术》&#xff0c;打算边阅读边总结&#xff0c;期望可以尽可能保留书本精华又尽可能精简&#xff0c;使大家可以不用花太多时间阅读图书原文&#xff0c;又可以收获尽可能多的内容&#xff01;前言和引言&#xff1a;本书从1979年出版至今&#xff0c;已…...

Android读书笔记

1、Android系统四大组件分别是活动&#xff08;Activity&#xff09;、服务&#xff08;Service&#xff09;、广播接收器&#xff08;BroadcastReceiver&#xff09;和内容提供器&#xff08;Content Provider&#xff09;。广播接收器可以允许你的应用接收来自各处的广播消息…...

读书笔记:软件工程(1) - 软件工程概述(1)

软件危机介绍 软件危机是指在计算机软件的开发和维护过程中所遇到的一系列严重问题。 软件危机主要有以下一些典型表现&#xff1a; 对软件开发成本和进度的估计常常很不准确。用户对“已完成的”软件系统不满意的现象经常发生。软件产品的质量往往靠不住。软件常常是不可维…...

软件工程作业——《人件》读书笔记

本blog为软件工程作业&#xff0c;作业详见软件工程课程第二次任务安排 1 因时间及精力有限&#xff0c;未系统梳理阅读整本书的收获以及感悟&#xff0c;就以读书笔记的形式&#xff0c;记录一下自己的所感所思&#xff08;很发散:P&#xff09; 2 读书笔记 “当你阅读这本书…...

《软件测试过程改进》读书笔记

《软件测试过程改进》读书笔记 第一部分 软件测试过程成熟度 第1章 软件测试的六个要点 第2章 技术与实践 第3章 白纸方法 第二部分 测试过程改进框架 第4章 树立注重实际的观点 第5章 重要选择&#xff1a;测试什么、何时测试、怎样测试 第6章 重要方法&#xff1…...

读书笔记-《Head First 软件开发》

本来想把一本书看完后写写总结&#xff0c;但是估计看完后细节可能忘的差不多了&#xff0c;所以打算看一章写一章总结吧。 先来说说Head First系列的书籍&#xff0c;这些书籍作为入门书籍的话个人还是非常喜欢的&#xff0c;生动有趣。说实话&#xff0c;不管是学习还是刷朋…...